El Proyecto Educativo de FASTA continúa y finaliza en el Nivel Secundario en donde se fortalecen los hábitos adquiridos en los primeros niveles, buscando una articulación coherente en la formación de los jóvenes a través de las distintas asignaturas, desarrollando la visión del hombre, del mundo y de la vida con una cosmovisión cristiana, como hombres cultos, críticos y con amor a la Patria. Este nivel cuenta con dos divisiones de primero a quinto año, con orientación en Bachiller en Ciencias Sociales y Humanidades y Bachiller en Economía y Administración a partir de tercer año.